Antes de la conquista el territorio estaba habitado por los quimbayas, gorrones y caramantas. El primer conquistador en llegar al territorio fue Sebastián de Belalcázar en 1537; posteriormente llegó una expedición a cargo de Juan de Badillo. A la cabeza de algunos españoles se fundaron algunos pueblos, sin embargo la disminución de la población indígena y el poco interés de los europeos por estas tierras hicieron que permanecieran abandonadas hasta mediados del siglo XIX, cuando la colonización antioqueña trajo el cultivo del café.
Durante la colonia y primeros años de la República, la región estuvo sujeta a la provincia de Popayán, en 1821 hizo parte del departamento del Cauca; desde 1857 formó parte del estado federal del Cauca. En 1905 fue anexado al departamento de Caldas y en 1966 fue creado como departamento independiente con capital en Pereira
Las principales tribus indígenas que habitaron la región fueron los quimbayas, ansermas, quinchías, chancos, chamíes y panches; el primer conquistador en llegar a la región fue Sebastián de Belalcázar en 1534; procedente del Cali recorrió el antiguo Caldas hasta el río La Vieja, continuó su marcha por el río Cauca hasta tierras que bautizó con el nombre de Anserma; posteriormente llegó hasta Cartama, hoy Marmato (Caldas); Jorge Robledo fundo la primera población - Cartago - en 1540. La presencia de comunidades negras en Pereira data del siglo XVI, cuando fueron empleadas para el trabajo de la minería; la mayoría provenía del Valle del Cauca y del litoral Pacífico; la comunidad negra de la Virginia fue fundada en el siglo XVIII.
Igualmente, desde mediados del siglo XIX se ha destacado la presencia de una fuerte colonización antioqueña que ha marcado el desarrollo de este departamento. En el año 1536 el territorio risaraldense pertenecía a la audiencia de Quito. Al constituirse la Gran Colombia en 1825, Risaralda paso a ser parte del departamento de Cundinamarca; en el año de 1860 perteneció al Estado Soberano del Cauca y a la provincia del Gran Cauca en 1886, hasta el año 1905, cuando fue creado el departamento del Viejo Caldas, del cual hacían parte los territorios actuales de Caldas, Quindío y Risaralda. El 1 de diciembre de 1966, por medio de la Ley 70, se crea el departamento de Risaralda.